Latvijas Dabas fonda misija ir Latvijas dabas daudzveidības saglabāšana. Lai to īstenotu, fonds darbojas dabas aizsardzības praktiskajā nodrošināšanā un sabiedrības izglītošanā par dabas daudzveidības nozīmi.

Misijas īstenošanai ilgtermiņā Latvijas Dabas fonds darbojas 5 programmās:

Dabas aizsardzības politika, kuras galvenais mērķis ir vides un dabas aizsardzības interešu integrācijas veicināšana likumdošanā Latvijā, atbalsts vietējo un nacionālo NVO izveidei un NVO sadarbības veicināšana.

Sabiedrība un dabas izglītība, kuras galvenais mērķis ir sabiedrības informēšana par vides, dabas aizsardzības un ilgtspējīgas attīstības aspektiem.

Bioloģiskā daudzveidība un ekosistēmas, kuras galvenais mērķis ir veikt darbības bioloģiskās daudzveidības saglabāšanai mežos, agroainavā, piekrastē, purvos un saldūdeņos un iesaistīt šajās darbībās sabiedrību, kā arī formulēt sabiedrības viedokli par dažādu tautsaimniecības sektoru darbības ietekmi uz vidi. 

Aizsargājamas sugas un biotopi, kuras galvenais mērķis ir veikt darbības, lai nodrošinātu labvēlīga aizsardzības statusu apdraudētiem biotopiem un sugām un iesaistīt šajās darbībās sabiedrību.

Īpaši aizsargājamas dabas teritorijas, kuras galvenais mērķis ir veikt īpaši aizsargājamo dabas teritoriju plānošanu un apsaimniekošanu un iesaistīt šajās darbībās sabiedrību.

Lai efektīvāk sasniegtu izvirzītos mērķus, Latvijas dabas fonds ir vairāku starptautisku vides organizāciju biedrs: Eiropas Vides Birojs (EEB) un Centrālās un Austrumeiropas Darba grupa bioloģiskās daudzveidības uzlabošanai (CEE-WEB).